Die spanische Kolonisierung Kolumbiens, das ironischerweise nach Kolumbus benannt wurde, obwohl dieser nie einen Fuß auf kolumbianisches Territorium gesetzt hatte, folgte dem selben Muster wie im übrigen südamerikanischen Kontinent.

Nach der Gründung erster Handelshäfen (Santa Marta 1528 und Cartagena 1533) drangen die Spanier, getrieben von der Gier nach Gold, ab 1536 mit drei verschiedenen Expeditionen ins Landesinnere vor. Jiménez de Quesada, aus Santa Marta kommend, gelangte über das Tal des Río Magdalena und die Cordillera Oriental ins Gebiet der Muisca, während Sebastián de Benalcázar, ursprünglich ein Gefolgsmann Pizarros, mit einer Expedition aus Quito zunächst Kolumbiens Süden unterwarf, wo er die Städte Popayán und Cali gründete, bevor auch er im Gebiet des späteren Bogotá eintraf. Federmann, gebürtiger Ulmer und zuvor Agent der Augsburger Welser, startete von der venezolanischen Küste bei Coro bevor er das Grasland der LLanos durch- und die Anden überquerte, um schließlich kurz nach Benalcázar die Region der heutigen Hauptstadt zu erreichen.

Bereits ein Jahr zuvor war es Quesada gelungen, die Muisca entscheidend zu besiegen, wobei ihm der Umstand half, dass die beiden ansässigen Clans in territoriale Streitigkeiten verwickelt waren. Auf dem Gelände der Hauptstadt des südlichen Clans, Bacatá, gründete Quesada 1538 Santa Fé de Bogotá.

Audiencias de Vizekönigreichs Peru (ca. 1659) 1. Panamá (gegr. 1564) 2. Bogotá (gegr. 1547) 3. Quito (gegr. 1563) 4. Lima (gegr. 1543) 5. Charcas (gegr. 1561) 6. Chile (gegr. 1565)

Die Rivalitäten unter den drei Gruppen endeten erst 1547, als der spanische König Karl V. in Bogotá einen Gerichtshof (Audiencia) des Vizekönigsreichs Peru gründete und die Kolonie damit unter die Kontrolle der spanischen Krone brachte (Grafik: Vivaperucarajo in der Wikipedia auf Englisch [CC BY-SA 2.5], via Wikimedia Commons).

Mit der Gründung der Audiencia begann die eigentliche Kolonialzeit, indem die spanische Krone die weitreichenden Befugnisse, die sie den so genannten Konquistadoren eingeräumt hatte, zurücknahm und die von ihnen eingenommenen Gebiete einer Zentralgewalt unterstellte.

Große Entfernungen und Schwierigkeiten des Reisens erschwerten jedoch sowohl die Kommunikation als auch die zentrale Lenkung der Kolonie. Wie im übrigen Südamerika dieser Zeit starb ein Großteil der indigenen Bevölkerung an eingeschleppten Krankheiten und den sklavenähnlichen Arbeitsbedingungen in den wesentlichen Wirtschaftszweigen Bergbau und Landwirtschaft, die von einer faktischen Leibeigenschaft im System der Encomienda getragen wurden. 

Wie andernorts im spanischen Kolonialreich endete der Trend zur Entvölkerung der Kolonie um die Wende vom 17. zum 18. Jahrhundert, auch durch häufiger werdende Mischehen zwischen Indigenen und Spaniern, während die zunehmende Akkulturation der indigenen Bevölkerung an die Lebensweise der Kolonisatoren ihre besonderen kulturellen Merkmale verschwinden ließ. Ihre Lebensbedingungen verbesserten sich auch mit der Abschaffung des Encomienda-Systems um das Jahr 1700 nicht nennenswert.

Bereits seit dem 16.Jahrhundert hatten die Spanier begonnen, afrikanische Sklaven zu importieren, um den Arbeitskräftemangel vor allem in der Minenindustrie auszugleichen.

Dabei hatte Cartagena das fragwürdige Privileg, exklusiver Sklavenhandelshafen zu sein, von dem aus diese Sklaven in die gesamte Kolonie verteilt wurden.

Denkmal für Benkos Biohó in San Basilio Palenque. Biohó, Angehöriger einer lokalen Herrscherfamilie, wurde im frühen 17.Jahrhundert von Sklavenhändlern aus Guinea Bissau nach Cartagena verschleppt, von wo ihm die Flucht gelang. Er gründete mit San Basilio Palenque eine befestigte Siedlung, in der geflohene Sklaven Zuflucht fanden. Trotz der Zusage des Gouverneurs von Cartagena, die Autonomie San Basilios sowie Benkos Biohós persönliche Freiheit zu garantieren, wurde Biohó bei einem Besuch der Stadt verhaftet und am 16. März 1621 gehängt und gevierteilt. San Basilio gilt heute als die erste Gemeinde freier Schwarzafrikaner in Amerika und gehört zum UNESCO Welterbe.

Zu Beginn des 17.Jahrhunderts wurden so viele schwarze Afrikaner nach Cartagena verschifft, dass ihre Zahl die der indigenen Bevölkerung übertraf. (Bild mit dem Denkmal für Benkos Biohó: Wehwalt [CC BY-SA 3.0], via Wikimedia Commons

Eine zentrale Rolle in der Entwicklung der spanischen Kolonialgesellschaft spielte die katholische Kirche, die für alle Institutionen der Bildungs- und Sozialpolitik verantwortlich war und ihrerseits unter der Kontrolle der spanischen Krone stand.

Mit dem dynastischen Wechsel auf dem spanischen Thron von Habsburgern zu Bourbonen kam es in der ersten Hälfte des 18.Jahrhunderts mit den so genannten Bourbonischen Reformen zu einem Bündel kolonialpolitischer Maßnahmen, die zum Ziele hatten, die Verwaltung der Kolonie effizienter und ertragreicher zu machen.

Neben der Gründung eines Vizekönigreiches Neu-Granada, zu dem die Gebiete des heutigen Kolumbiens, Panamas, Ecuadors und Venezuelas gehörten und das Bogotá zur Hauptstadt hatte, wurde der innerkoloniale Handel liberalisiert, was zu wachsendem Wohlstand, auch unter den Kreolen (in der Kolonie geborene Spanier) führte. Diese waren trotz ihrer wachsenden ökonomischen Macht jedoch weitgehend von der politischen Teilhabe ausgeschlossen.

Zu Widerständen und Aufständen gegen die spanische Kolonialpolitik kam es zunächst 1781 aus den Kreisen einfacher Bauern und Händler, die sich gegen Steuererhöhungen und das Verbot des Tabakanbaus wehrten. Darüber hinaus forderten die Aufständischen unter der Führung von Manuela Beltrán den Schutz der indigenen Landrechte und eine Erhöhung der Zahl von Kreolen in Verwaltungsposten. Über das weitere Schicksal der mutigen Händlerin ist nichts bekannt, doch ihr Protest wurde ebenso niedergeschlagen wie der des Mestizen José Antonio Galán, der versuchte, einen zweiten Marsch in die Hauptstadt zu organisieren, wo er gefasst und am 30. Januar 1782 gehängt wurde.