Im folgenden Jahr, nach dem faktischen Zerfall der zentralamerikanischen Föderation, erklärte Guatemala erneut seine staatliche Unabhängigkeit. Doch erst 1847 wurde es auch zur Republik. Zwar entledigte sich Guatemala der spanischen Herrscher, doch dies zugunsten einer neuen Form kolonialer Herrschaft, der ausländischer Unternehmer.
Die Caudillo-Politik eines auch militärisch starken lokalen Führers, der die Interessen ausländischer Investoren vertritt, bestimmte letztlich die Geschichte Guatemalas bis weit in das 20. Jahrhundert.
Zunächst waren es konservative Regierungen, die liberale Reformen rückgängig machten und die katholische Kirche wieder in ihre Macht einsetzten, bis hin zur erneuten Einladung der Jesuiten, die 1767 ausgewiesen worden waren. Erst nach dem Tod des konservativen Diktators Carrera kamen die Liberalen nach mehreren Revolten wieder an die Macht.

General Justo Rufino Barrios wurde 1873 zum Präsidenten Guatemalas gewählt. Er enteignete Kirchenbesitz und gründete mit diesen Geldern die Nationalbank, säkularisierte die Schulbildung und ermöglichte zivile Eheschließungen. Doch nicht nur Kirchenland, sondern auch das der Maya-Gemeinden wurde für den Kaffeeanbau beschlagnahmt und die Indígenas mussten Zwangsarbeit auf den Plantagen verrichten. Guatemala war zu einem der wichtigsten Kaffeeproduzenten geworden.

Mitte des 19.Jahrhunderts wurden Guatemalas Hauptexportgüter Indigo und Cochinille auf dem Weltmarkt von synthetischen Farben verdrängt. Kaffee, Kakao und Bananen füllten das Vakuum.
Große Infrastruktur-Projekte wie Häfen und Eisenbahnlinien dienten vor allem dem Transport und der Ausfuhr dieser Cash-Crops. Barrios‘ Versuch, die zentralamerikanische Föderation wiederzubeleben, schlug fehl.

Die fragwürdige Ehre der längste Regierungszeit eines Diktators in der zentralamerikanischen Geschichte (1898-1920) gebührt dem konservativen Diktator Manuel Estrada Cabrera. Wie Barrios ermutigte auch er ausländische Investitionen, vor allem die der United Fruit Company, die seit Beginn des 20. Jahrhunderts Guatemala in eine zunehmende wirtschaftliche Abhängigkeit von den USA führte.
Die UFC wurde zum Staat im Staate. Sie kontrollierte die Eisenbahnlinien, alle Kommunikationswege, die Stromversorgung, war mit Landrechten für 800.000 ha ausgestattet, unterhielt eigene Läden und konnte damit rechnen, dass der guatemaltekische Staat, wenn überhaupt, dann zu ihren Gunsten intervenieren würde.