Nur wenige der 300.000 Indigenas, die den spanischen Kolonisatoren zum Teil erbitterten Widerstand leisteten, überlebten den Kulturkontakt mit den Europäern. Die große Mehrheit starb an eingeschleppten Infektionskrankheiten wie Windpocken. Bereits um 1700 galt die „indianische“ Bevölkerung Costa Ricas als faktisch ausgerottet. Heute liegt ihre Zahl mit knapp 30.000 Menschen bei unter einem Prozent der Bevölkerung. Nachfahren jamaikanischer Migranten aus dem 19.Jahrhundert stellen heute die englischsprachige Minderheit, deren Zahl oder Bevölkerungsanteil bei 100.000 bzw. 3 Prozent liegt.

Vor Ankunft der Spanier war Costa Rica überwiegend von vier ethnischen Gruppen besiedelt: den Kariben entlang der Atlantikküste, den aus Kolumbien eingewanderten Chibchas, die im zentralpazifischen Raum lebten, den aus Südmexiko stammenden Chorotegas in der Guanacaste – Provinz und auf der Nicoya-Halbinsel und schließlich den Diquis an der südlichen Pazifikküste. Die Diquis schufen auch jene makellosen Steinkugeln, die in unterschiedlichsten Größen noch in ihrem früheren Siedlungsgebiet anzutreffen sind.

Die Frage nach deren einstiger Bedeutung und Funktion gibt bis heute Rätsel auf. Neben diesen Steinsphären der Diquis sind nur wenige Artefakte der indigenen Kulturen erhalten. Anders als im Gebiet der Maya, wurden in Costa Rica keine imposanten Zeremonialbauten errichtet.
Die bedeutendste archäologische Stätte Costa Ricas ist das zum Nationalpark erhobene Guayabo.

Die Blütezeit dieser Stadt, die seit 1000 v. Chr. besiedelt war, wird auf den Zeitraum zwischen 300 und 700 n.Chr. datiert. Aus dieser Zeit stammen auch die Gebäudereste und Aquädukte, die man heute besichtigen kann. Kulturell ist die Stätte nicht eindeutig zuzuordnen, es gibt sowohl Hinweise auf südamerikanische Einflüsse, als auch Elemente, die auf einen intensiven Kontakt mit den mesoamerikanischen Hochkulturen der Olmeken und Nahua-Gruppen hinweisen.
Von herausragender Bedeutung ist die Kunstfertigkeit der Jade-Verarbeitung unter den Chorotega. Der kostbare Rohstoff wurde in den Amerikas nur in einer einzigen Mine, der im guatemaltekischen Montagua-Tal, abgebaut. Auf welchen Handelswegen die – auch von den Azteken und Maya – hochgeschätzte Jade nach Costa Rica gelangte, ist ungeklärt. Viele der schönsten Jadearbeiten befinden sich heute im Jade-Museum von San José.