Äußerer Anlass waren Ausschreitungen im Rahmen dreier, hart umkämpfter Qualifikationsspiele zur Fußballwelt- meisterschaft 1970, die in Tegucigalpa und in San Salvador ausgetragen wurden (letztlich qualifizierte sich El Salvador).
Die eigentlichen Ursachen des Konflikts, der am Ende geschätzte 3000 Tote und 6000 Verletzte forderte, waren ökonomische und demographische Verwerfungen. Etwa 300.000 landlose Salvadorianer waren aus ihrer dichtbesiedelten Heimat ins Nachbarland gekommen und hatten dort brachliegende Flächen in Besitz genommen, ohne jedoch die gesetzlichen Voraussetzungen für diese Landnahme zu erfüllen: Sie waren nicht Honduraner von Geburt an.
Im Zuge einer Landreform forderte die honduranische Regierung die salvadorianischen Migranten auf, binnen 30 Tagen Honduras zu verlassen. Diese Maßnahme sollte von ungelösten innenpolitischen Problemen ablenken und den Zorn der Öffentlichkeit auf die Salvadorianer lenken. Die nationalistischen Ausbrüche auf beiden Seiten wurden sowohl von den beiden Regierungen, als auch von den Medien weiter angeheizt. Immer häufiger kam es zu Übergriffen gegen die salvadorianische Minderheit in Honduras. Gleichzeitig verschärfte die Welle zurückkehrender Flüchtlinge (zwischen 80.000 und 150.000) die sozialen Spannungen in El Salvador weiter. Die Regierung war nicht bereit, die lange überfälligen Landreformen durchzuführen und den landlosen Bauern eine Lebensgrundlage zu bieten. Der Angriff auf Honduras war für El Salvadors Regierung unter Fidel Sánchez Hernandez der Ausweg aus der Krise.

Sein Ziel war nicht die Besetzung oder militärische Unterwerfung des Nachbarlandes, sondern die Rücknahme der Vertreibung und die Gewährung des Bleiberechts für die Emigranten. Die Eskalation des Konflikts und die schnellen militärischen Erfolge der salvadorianischen Armee riefen die OAS (Organisation Amerikanischer Staaten) auf den Plan, die unter Androhung von Sanktionen binnen weniger Tage ein Ende der Kampfhandlungen durchsetzte, ohne dass El Salvador sein politisches Ziel erreicht hatte. Offiziell beendet wurde der Konflikt erst 1980 mit einem Friedensvertrag zwischen beiden Staaten. Auch wenn sich das Verhältnis zwischen beiden Staaten und deren Bevölkerungen völlig normalisiert hat, hatte der Konflikt negative wirtschaftliche Folgen für die Beteiligten. Er kappte die Handelsbeziehungen und Verkehrsverbindungen zwischen den Nachbarn für zehn Jahre, hemmte beider Entwicklung und bedeutete das Ende des gemeinsamen Marktes in Zentralamerika, der zuvor als eines der hoffnungsvollsten Projekte von Entwicklungsländern galt.