Als kleines, wirtschaftlich wenig entwickeltes Land war Honduras an der Fortführung des zentralamerikanischen Staatenbundes interessiert und verfolgte auch bis zum Ende des 19.Jahrhunderts eine entsprechende Politik.

Während der konservativen Herrschaftsperiode wurden liberale Reformen weitgehend wieder zurückgenommen, und die katholische Kirche gelangte wieder zu alter Macht. 1861 unterzeichnete die honduranische Regierung schließlich ein Konkordat mit dem Heiligen Stuhl.

Nachdem 1871 mit Justo Rufino Barrios in Guatemala ein Liberaler an die Macht gekommen war, der liberale Politik mit diktatorischen und letztlich militärischen Mitteln durchzusetzen versuchte, gab dies zwar den Liberalen in Honduras neuen Auftrieb, als Barrios aber versuchte, mit einer Invasion in El Salvador die Einheit Zentralamerikas mit Gewalt wiederherzustellen, erwiesen sich die honduranischen Liberalen, wie die der Nachbarländer auch, in erster Linie als Nationalisten und schlugen den Versuch zurück.

Den dreistesten Versuch, Honduras unter amerikanische Kontrolle zu bringen, leistete sich bereits zehn Jahre zuvor der amerikanische Freibeuter William Walker, der im Auftrag der amerikanischen Südstaaten versuchen sollte, am Vorabend des us-amerikanischen Bürgerkrieges neue Sklavenstaaten zu schaffen. Nachdem er es 1856 geschafft hatte, faktischer Präsident von Nicaragua zu werden, dann aber der Verhaftung nur entgehen konnte, indem er in die Vereinigten Staaten zurückkehrte, fiel er 1860 in Honduras ein, wo er bei Trujillo aber von britischen Truppen gefangen genommen wurde. Diese übergaben ihn den honduranischen Behörden, die ihn zum Tode verurteilten und noch im selben Jahr exekutierten.